O Instituto Peabiru trabalha prioritariamente em quatro regiões da Amazônia Oriental:

- Nordeste Paraense – uma das mais devastadas e populosas regiões da Amazônia, onde se encontram pescadores artesanais e os mais extensos e biodiversos manguezais da Terra, em especial em Curuçá e Marapanim;

- Periferias da Grande Belém, seja nas ilhas de Cotijuba, Jutuba, Paquetá, Urubuoca e Ilha Nova, ou na comunidade de Boa Vista do Acará, sob forte pressão de ocupação desordenada; seja no Mercado do Ver o Peso, ou nos bairros do Barreiro, Parque Verde (Tapanã), Paraíso dos Pássaros, Promorar e Providência;

- Braço Norte do rio Amazonas – que compreende as zonas rurais dos municípios de Macapá, Santana e Mazagão (AP) e Afuá e Chaves (PA), como parte do estuário do rio Amazonas, uma das mais importantes áreas úmidas e de água doce do Planeta.
 
- Cerrados de Monte Alegre, no Médio Amazonas, regiões de enclave de Cerrado, com ecossistemas frágeis, de grande potencial ecoturístico, e que sofrem pressão dos agronegócios.

Além disto, atualmente o Peabiru trabalha nos municípios de Santarém (Alter do Chão), Tailândia, Moju, Acará, Tomé Açú, no Pará, e em São Bernardo do Campo, em São Paulo.